Achaltekinské koně  dnes řadíme do 19 linií.  Linie vznikají po významných hřebcích a přetrvávají nebo zanikají podle toho jak se prosazují na svých hřebčích potomcích. Již zcela zaniklými liniemi jsou Gečeli a Niderbai. Z původní linie Sultan Guli se přes hřebce Slučaj jeho synem 629 Fakir Sulu odštěpili dvě nové linie a to Gelišikli a Fakirpelvan. Z linie Čopar Kel vznikly linie Ak Belek, Dor Bairam, Ak Sakal.  Nejmladší je linie hřebce Gundogar, vyštěpená z linie Gelišikli. Jako samostatná linie byla uznána v r.2009.

Ostatní linie, přesněji 70 % achaltekinské populace směřuje k hřebci 2a Boinou.

Legendární hřebec 2a Boinou byl hřebcem velmi typickým, avšak menšího vzrůstu (153cm). Měl suchou hlavu, štíhlý, dlouhý krk a šavlovitý postoj zadních končetin.  Narodil se roku 1885 po hřebci Leljaning Čepi z achaltekinské klisny neznámého jména. Byl vynikajícím dostihovým koněm a posléze se stal nejvýznamnějším plemeníkem své doby. Jeho potomstvo bylo na dostihových drahách rovněž velice úspěšné a  tak se Boinou proslavil jako plemeník po celém Turkmenistánu. Boinou uhynul 7. 11. 1908 ve věku 23 let.